Lokalizációs mikroszkópiás mérések kvantitatív elemzése

My goal was to interpret the point clouds generated by the SMLM technique and obtain quantitative information from them, in particu- lar the number of labeled molecules, the detection of clusterization as well as the characterization of the clusters and the geometrical param- eters of the sample. It...

Teljes leírás

Elmentve itt :
Bibliográfiai részletek
Szerző: Varga Dániel
További közreműködők: Erdélyi Miklós (Témavezető)
Dokumentumtípus: Disszertáció
Megjelent: 2022-12-12
Kulcsszavak:Lokalizációs technika, klaszteranalízis, molekulaszámlálás, kvantitatív kiértékelés
Tárgyszavak:
doi:10.14232/phd.11283

mtmt:34131654
Online Access:http://doktori.ek.szte.hu/11283
Leíró adatok
Tartalmi kivonat:My goal was to interpret the point clouds generated by the SMLM technique and obtain quantitative information from them, in particu- lar the number of labeled molecules, the detection of clusterization as well as the characterization of the clusters and the geometrical param- eters of the sample. It was among my plans to compare these results with results obtained form the analysis of confocal images to explore the possibilities of correlative measurements. It was relevant, because confocal laser scanning microscopy (CLSM) is a prevalent technique in 4 biological research. Performing the necessary measurements was also among my tasks. It was my purpose to not complicate the measurement protocol and to not increase the measurement time with the employed analytical methods. My objectives were motivated by important biological problems, such as estimating the number of γH2AX histones (which are signaling proteins of DNA double-strand breaks), the time resolved analysis of γH2AX clusters after X-ray irradiation, the changes in the structure of actin filaments or the quantitatve characterization of RNC clusters after a genotoxic stress. I used the dSTORM and CLSM system of AdOptIm research group to conduct the measurements and I mainly used MATLAB and Python to analyze measurement data.
Célom volt, hogy értelmezzem és kvantitatív információkat nyerjek ki az SMLM technikával kapott pontfelhőkből, különös tekintettel a megjelölt molekulák számára, a klasztereződés kimutatására valamint a klaszterek és a minta geometriai paramétereinek jellemzésére. Ter- veim között szerepelt, hogy az eredményeket összevessem a biológiai kutatásokban széles körben elterjedt konfokális mikroszkópiás (CLSM) felvételek elemzéséből kapott eredményekkel, feltérképezve a korrela- tív mérések lehetőségeit. A mikroszkópiás mérések elvégzése szintén a feladataim között szerepelt. Célul tűztem ki, hogy az alkalmazott analitikai módszerek ne bonyolítsák a mérési protokollt, valamint ne 4 növeljék meg a mérési időt. Célkitűzéseimet olyan fontos biológiai problémák motiválták, mint a DNS kettős szálú töréseket jelező γH2AX hisztonok számának kvan- titatív megbecslése, a γH2AX klaszterek időbontott vizsgálata röntgen besugárzás után, az aktin szálak szerkezetében bekövetkező változások, vagy RNC klaszterek kvantitatív jellemzése genotoxikus stressz hatás után. A kísérletek elvégzéséhez az AdOptIm kutatócsoport dSTORM és CLSM rendszerét használtam. Az adatok számítógépes elemzése so- rán MATLAB-ot, illetve Python programozási nyelvet használtam.